Die nachweisbar erste urkundliche Erwähnung Isenbüttels geht in das Jahr 1196/1197 zurück. Im Jahr 1996 feierte die Gemeinde Isenbüttel ihr 800jähriges Bestehen.

Die Entstehung der "-büttel-Dörfer" und damit auch der Gemeinde Isenbüttel, dürfte jedoch etwa für das 7. und 8. Jahrhundert anzusetzen sein. "-büttel" bedeutet Haus oder Besitz. In den Namen, bei denen der 2. Teil so heißt, steht vorn im 1. Teil immer ein Männername. Das ist der Name des Mannes, der dort zuerst sein Haus baute, wie Martin in Martinsbüttel steckt. Der Name des Mannes, der in Isenbüttel zuerst wohnte, hieß Iso. Daraus entstand später der Name Isenbüttel.

Ungewöhnlich ist dabei die Tatsache der schon frühzeitigen Größe des Ortes. So hatte Isenbüttel lt. Kurhannoverschen Landesaufnahme von 1791 53 Feuerstellen. Besitzverteilung vor der Verkoppelung sowie Betrachtungen des Dorfkerngrundrisses könnten vermuten lassen, dass Isenbüttel einst aus mindestens zwei Ortschaften entstanden ist. Auch ein Namenswechsel lässt sich hierbei nicht völlig ausschließen.

Die schriftliche Erwähnung als "Ysenebutle" findet sich in den "Origines Guelficae" etwa 1200. Im Jahre 1265 muss schon eine selbständige Pfarre vorhanden gewesen sein, denn da wird ein Refridus plebanus in Ysenbutle erwähnt. Das Adelsgeschlecht von Campe ist in Isenbüttel seit 1330 bezeugt. Sie besitzen dort einen Hof, dessen Zehnten sie dem Kloster Neu-Isenhagen verkaufen.

Die Funktion als Kirchspielmittelpunkt führte zu einer größeren Zahl von Nachsiedlern, die als Handwerker ihren Lebensunterhalt fanden, in dem sie die zum Kirchspiel gehörende Bevölkerung versorgten, soweit Gewerbe- und Zunftzwang der Städte dies zuließen.

1881 wurden - einschließlich des Gutes - 82 Wohngebäude registriert. Ihre Zahl wuchs in der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts begünstigt durch die Verkoppelung von 1848 auf 121 an und in der 2. Hälfte etwas schwächer auf 143 (1895). In dieser Zeit entstand der südöstliche Dorfteil mit Sand- und Beginn der Mittelstraße. Durch die Aufsiedlung des Gutes entstanden 11 neue Höfe im Osten, wie auch in der 1. Hälfte des 20. Jahrhunderts - begünstigt durch die günstige Lage zu Gifhorn und an den Bahnlinien - sich der Ort stark ausdehnte (207 Wohngebäude 1955). Hierbei spielte natürlich der Zustrom der Vertriebenen eine große Rolle, konnten diese doch überwiegend in Isenbüttel angesiedelt werden - 396 Wohnhäuser 1961, 1968 bereits 550. Die erste amtliche Einwohnerzahl wies 1811 schon 699 Bewohner aus, womit Isenbüttel das größte Dorf im Amt Gifhorn war. 1858 waren es 896, 1905 995, 1939 1094, 1961 2685, 1970 3120 und 1979 - der Ortsteil Isenbüttel-Gifhorn musste an die Stadt Gifhorn abgetreten werden - 2656 Einwohner.